Les primeres notícies del terme de Boixadors i de l'església de Sant Pere són del 30 d'abril del 1015, quan el bisbe de Vic va donar al levita Guillem d'Oló el lloc de Segarra, que limitava amb Boxcadossa. Es desconeix la data de la seva consagració, però sabem que ja al segle XI feia les funcions de parròquia del lloc.

L'església, situada a peus del castell de Boixadors, però fora del seu recinte fortificat, és esmentada en les relacions de parròquies del bisbat de Vic durant el segle XII i XIII.

Ja en el segle XVI, sabem que el temple comptava amb dos altars, el major dedicat a sant Pere i una altre dedicat a sant Sebastià. Un segle més tard es van afegir dos altars més: un dedicat a sant Isidre i l'altre a la Mare de Déu del Roser. Malgrat això, el segle XVII serà el moment de l'inici del declivi del temple, doncs la seva ubicació estava molt allunyada dels masos i nuclis de població als quals servia. Si a això li sumem que la coberta presentava risc d'ensorrament, els feligresos van demanar, en 1771, construir un nou edifici a la plana. Aquest fet no es va produir degut a la falta de recursos econòmics, i per tant s'opta per reformar el temple construint un nou absis de planta rectangular, el campanar d'espadanya i es va sobrealçar la coberta per protegir millor el temple de la pluja.

L'església va patir els efectes de les revolucions de principis del segle XIX, segons queda escrit en la visita pastoral del 1824, on descriu que van desaparèixer bona part de les imatges i decoració del temple, sense que patís danys l'estructura.

Finalment en el segle XIX es construeix un nou temple en un punt més baix del turó i s'hi trasllada la parròquia. Per aquest motiu el temple romànic anirà quedant abandonat i per tant degradant-se, fins que a partir de 1971 la Diputació de Barcelona, a petició de l'ajuntament de Sant Pere de Sallavinera, que acabava de rebre la cessió del castell, va iniciar diverses campanyes arqueològiques i de restauració del temple. Segons el criteri d'aquell moment, es van eliminar aquells elements afegits al llarg dels segles i que "distorsionaven la visió del temple romànic" com la sagristia o el sobrealçament de la nau.

Per tant, ens trobem amb un edifici que es va començar a construir en el segle XI, del qual ens ha arribat bona part de la seva nau. Sorprèn veure que no manté l'orientació habitual amb la capçalera a l'est i els peus de la nau a oest, doncs no ens sembla que l'espai on s'aixeca n'impedís la perfecta orientació.

Aquest temple tenia una nau coberta amb volta de mig punt i reforçada per arcs torals, que estava capçada cap al nord-est amb un absis semicircular. Aquesta volta ha cedit lleugerament i presenta un perfil rebaixat.

Es creu que aquest absis estava decorat seguint la tradició llombarda amb arcs cecs i lesenes, doncs aquesta decoració la trobem en la part del mur sud on s'obre la porta.

A finals del segle XIII es decideix eliminar la capçalera i allargar el temple cap a llevant, si bé no es va respectar l'eix que tenia la nau romànica i aquesta ampliació està més orientada cap al nord.

Aquest nou tram està cobert amb una volta apuntada més alta que l'original romànica, aproximadament un parell de metres. En aquest cas no està reforçada per cap arc toral.

Aquesta diferència d'alçada va ser igualada exteriorment, doncs es va sobrealçar l'espai original. En la restauració realitzada a finals del segle passat es va tornar a recuperar l'alçada que tenia en el segle XI.

A banda i banda s'obren dues capelles laterals, cobertes amb voltes de mig punt.

Ens sorprèn veure una finestra oberta just en el punt on s'uneixen les dues capelles del costat sud, fet que va provocar que es retallés el mur per permetre l'accés de la llum a les dues capelles.

Com hem comentat, en el mur sud es conserva un fragment de la decoració llombarda, que segurament tenia tot el temple. Podem veure tres parelles d'arcs cecs al damunt de la porta d'accés.

La porta és d'arc de mig punt, decorada amb un arc de dents de serra entre dues fileres de petites lloses. Els batents conserven part de la ferramenta romànica.

En el mur nord veiem una altra porta, ara cegada. Està formada per un arc de mig punt adovellat amb una filera de lloses que el ressegueix externament.

En l'espai interior d'aquesta porta, s'hi va col·locar una pica baptismal de forma rectangular i sense decoració.

En la part occidental es conserven dues finestres romàniques. Una es troba en el mur sud. És de mig punt i de doble esqueixada.

L'altra es troba en el mur oest, sota el campanar d'espadanya. En aquest cas és  d'una sola esqueixada i dos arcs en gradació per la part exterior.

En el Museu Episcopal de Vic es conserva una imatge gòtica de la Mare de Déu. Maria sosté, amb tendresa, entre els seus braços a Jesús. Aquest aixeca la mà dreta i a l'esquerra té un ocell. La presència d'aquesta au és un dels "grans èxits" de la iconografia gòtica, inspirada en un fragment dels Evangelis Apòcrifs, on Jesús dóna vida a un ocell que acaba de fer en fang.

La imatge està feta amb alabastre i conserva part de la policromia. Està datada entre el 1350 i el 1370.