Malauradament no es conserven gaires documents que ens parlin d'aquest edifici en l'antiguitat, doncs diversos incendis van acabar amb ells. Així doncs, la primera referència escrita la trobem en el cartulari de Santa Maria de Puerto, de Santoña, en juny del 1092, en un intercanvi de bens entre els dos abats. Es probable que els seus orígens es remuntin al segle X, com la majoria dels temples importants de la zona, però la manca de documentació no ens permet afirmar-ho amb seguretat.

De l'antic monestir només es conserva l'església, aixecada a finals del segle XI o principis del XII. La seva excel·lent fàbrica amb carreus ben tallats i disposats en fileres regulars ens parla que va ser un monestir afavorit amb nombroses donacions de nobles o potser fins i tot reials. El fet que estigui dedicada a la Santa Creu ens fa pensar en la possibilitat que es veneressin relíquies de la Creu de Crist, però no en tenim cap constància. Si fos així, quedaria justificada la seva "riquesa".

La planta resulta complexa d'interpretar, si més no quin va ser el plantejament original. Es creu que a finals del segle XI o principis del XII, es volia construir una sola nau capçada a l'est per un absis semicircular, amb una torre campanar adossada al sud del temple. Es probable que durant la construcció de l'absis s'alterés el projecte inicial amb la intenció de creuar una església de tres naus. El problema és que la torre campanar ja es trobava en un moment avançat de la seva construcció i impedia crear una nau pel costat sud. Per aquest motiu, es decideix construir un temple d'una sola nau, però capçada per un transsepte en el que s'obririen tres absis cap a llevant. D'aquests només es conserven el nord i el central, doncs el del costat sud va ser eliminat en 1706 per a construir-hi la sagristia i una capella per ordre de Juan de Frómesta Cevallos.

L'absis central és molt més gran que el del costat nord. Està precedit d'un tram presbiteral cobert per una volta de canó, que arrenca d'una imposta decorada amb palmetes.

Exteriorment està dividit en tres espais, envoltats per columnes, que es van fent més primes a mesura que es guanya alçada. Aquestes columnes arribaven fins a la cornisa que hi ha sota la teulada, però actualment ha desaparegut el darrer tram del seu fust, excepte en la columna situada més al nord.

Per sort si que conservem els seus capitells. El que es troba en la unió entre l'absis i el presbiteri sud està decorat amb volutes i boles amb caputxa. El següent capitell també té una decoració amb volutes. L'altre capitell central té dues àligues amb les ales obertes i volutes en la part superior.  El darrer capitell té també volutes i boles encaputxades.

També es divideix l'absis en tres parts horitzontalment gràcies a dues impostes: la superior decorada amb motius florals i la inferior amb un escacat.

En cadascun dels espais que hi ha entre les dues impostes i les columnes, s'obre una finestra, que il·lumina l'interior del presbiteri. L'arc de mig punt de les tres finestres està decorat amb una arquivolta decorada amb dents de serra, protegida per un guardapols decorat amb fulles de palma i amb unes petites perles entre elles.

El capitell esquerre de  la finestra sud està decorat amb dos lleons enfrontats en la part inferior i diferents caps esculpits en la part superior. En el costat dret tenim dos registres de boles encaputxades.

En la finestra central trobem el capitell esquerre decorat amb fulles d'acant, mentre que en el dret veiem a dos quadrúpedes que es mosseguen el llom, per sota d'unes volutes.

La finestra del costat nord presenta un capitell esquerre decorat amb una au i boles encaputxades, mentre que en el capitell dret trobem novament dos quadrúpedes, que en aquest cas es mosseguen el llom entre ells.

En el presbiteri i en tot el tambor absidal, podem veure mènsules esculpides sota la teulada.  En el presbiteri sud veiem una bola en una mènsula de cavet, una altra de cavet amb unes volutes esculpides en els laterals, un cap d'animal que té alguna cosa entre les dents, un parell d'animals que es mosseguen mútuament les potes, un músic assegut que toca un instrument de corda, un personatge que es toca el penis i un personatge que té alguna cosa sobre els genolls.

Ja en el tambor absidal trobem dues mènsules decorades amb volutes. La tercera presenta un cap de bèstia amb la llengua fora. A continuació veiem a dos caps humans, un cap d'una bèstia ferotge i un cap de cabra.

En el tram central hi ha una mènsula amb volutes en els costats, com la que hem vist en el presbiteri, una amb tres cavets en gradació i una piràmide, un personatge que està tocant l'arpa, un cap humà, de nou cavets en gradació i el cap d'una bèstia.

La primera mènsula té una bola encaputxada. La següent és com la primera del tram anterior, amb volutes en els costats. Després trobem , un cavet del que surt una punta de diamant, una també de cavet, però amb un mig disc, una amb un cap de boví i una amb cavets en gradació i una bola encaputxada.

Pel que fa al costat nord del presbiteri, algunes de les mènsules repeteixen els motius que ja hem vist anteriorment, com els cavets en gradació que trobem en les dues primeres. A continuació trobem un animal que engoleix un home, un cilindre, cavets en gradació i el cap d'un monstre.

Per la part interior, l'absis i el presbiteri estan decorats amb dues línies d'imposta, que com a l'exterior, estan decorades amb un escacat la inferior i amb motius florals la superior.  Entre les dues impostes del tambor absidal s'obren les tres finestres, que ja hem descrit anteriorment. En aquest cas no tenen arquivoltes ni columnes i només estan decorats amb el guardapols, que resulta d'adaptar la imposta superior a l'arc de la finestra.

Per sota de la imposta inferior, trobem vuit arcs cecs de mig punt: quatre en el presbiteri i quatre en l'absis. Els arcs del presbiteri estan decorats amb bossell i guardapols amb motius vegetals.

El primer capitell del costat nord està decorat amb dues fileres de boles encaputxades. El capitell central té esculpit un quadrúpede que mossega en el llom a un lleó, que està enfrontat amb un altre. Darrera d'ells, veiem un personatge, que sobre els seus genolls té les potes davanteres dels lleons. Alguns estudiosos han identificat aquesta escena amb la de Daniel amb els lleons. També podem veure petits caps de felí, que mosseguen les cues dels dos lleons. El darrer capitell d'aquest costat està decorat amb pelicans, que es piquen a si mateixos. En la part superior del capitell veiem un cap d'animal amb la boca de granota, en cada cara.

En l'altre costat del presbiteri veiem a dos lleons, que tenen els caps units en l'angle del capitell, que agafen amb les seves potes a un petit animal, que ha perdut el cap. El capitell central està decorat amb àligues amb les ales obertes. En la part superior del capitell veiem caps d'animal en el centre de cada cara. Acabem aquest grup de capitells, novament amb lleons enfrontats, en aquest cas compartint el cap. En el cimaci veiem aus que s'entrecreuen.

L'absis també està decorat amb uns arcs cecs, en aquesta cas presenten boles per la part exterior i per l'intradós. Els seus capitells també estan decorats. Comencen la nostra descripció pel capitell situat més a l'esquerra de l'absis. En ell es van representar fulles d'acant. En el següent capitell es veu a un home i una dona abraçant-se, que ha estat interpretat com un comiat. En la part central del capitell  veiem una lluita entre cavallers. El de la dreta fereix amb la llança al seu rival en el coll. Aquest, en canvi, fa impactar la seva llança en l'escut. En el costat oriental trobem dos homes més barallant-se i agafant-se pel coll. El capitell central està decorat amb boles encaputxades i volutes.

A continuació tenim un capitell decorat amb tres lleons rampants. El primer recolza les seves potes en una figura humana. Els altres dos beuen d'un recipient. En el darrer capitell de l'absis trobem a  lleons que es mosseguen el llom.

Malauradament, no us podem oferir millors imatges dels capitells, doncs no es permet l'accés al presbiteri.

Davant la finestra central trobem la imatge d'un Crist Crucificat gòtic, flanquejat per les talles de sant Joan i de la Verge.

En la intersecció entre la nau i el transsepte s'alça una cúpula, que exteriorment es mostra com un cimbori octogonal de no massa alçada. En cadascun dels murs del pis inferior, s’obre una petita finestra apuntada, a excepció del mur nord, que és trilobulada. La del costat oest, si va existir, va desaparèixer en el moment de la construcció de la volta actual de la nau. El pis superior és massís, malgrat que en alguns murs s’entreveuen les traces d’alguna finestra, així com a bases i columnes, que sembla que no es van arribar a obrir.

La transformació entre l'espai quadrat del creuer en octogonal del cimbori es fa mitjançant trompes esglaonades.

Exteriorment veiem que la cornisa de sota la teulada no té decoració, si bé està recolzada en mènsules que si estan decorades. En el mur sud podem veure dues mènsules en forma de cavet, a continuació una caputxa que protegeix una llengüeta sense bola, una amb dos cavets en gradació i una bola, una mènsula amb un animal que amaga el cap entre les potes davanteres, una altra amb una pinya, una amb un cap humà i una amb un cavet i una bola. A continuació, en el xamfrà sud-est, trobem una mènsula amb una bola encaputxada per dalt i per baix, una amb tres cavets en gradació i una bola encaputxada, una de cavet, una figura molt erosionada i acaba amb una mènsula en la que veiem a un personatge assegut ensenyant el seu membre.

En el mur est veiem algun cap d'animal, però la majoria són de cavet. En el mur nord també predominen les mènsules llises, probablement per que va ser refet en algun moment. Així doncs veiem un cap d’animal en la primera mènsula, cinc mènsules de cavet, una amb doble cavet, una amb una bola encaputxada i una amb un mig cilindre. En el següent xamfrà veiem una bola encaputxada i tres mènsules de cavet.

La cúpula es recolza en quatre arcs torals dobles de mig punt, que es recolzen en columnes adossades. El capitell esquerre de l'arc triomfal està decorat amb una persona que està dempeus i té un bastó en forma de T. A la seva esquerra hi ha unes bèsties fantàstiques que engoleixen a un home. En el capitell dret veiem dues àligues que entre les seves urpes tenen peixos o llebres. Es completa la decoració amb boles encaputxades.

El capitell nord de l’arc que comunica el creuer amb la nau està decorat amb dues parelles de lleons enfrontats. També hi ha una figura humana darrera de la parella més oriental, que posa les seves mans al lloms dels animals. Amb l’altre parella de lleons també hi ha un personatge, que en aquest cas està a sobre la gropa d’un d’ells. En la part central del capitell trobem un cap d’animal que està devorant a dues petites aus. Es completa la decoració amb altres caps d’animals i volutes. En el capitell del costat sud tornem a trobar quatre lleons. Els dos de l’angle oriental estan enfrontats i recolzen les seves potes davanteres en els genolls en un personatge, que sembla abraçar-los. Novament, alguns estudiosos l’han identificat com a Daniel i els lleons. En la part superior del capitell veiem caps d’animals i perdius que entrecreuen els seus colls.

S’accedeix als braços del transsepte mitjançant dos grans arcs, similars als que hem descrit anteriorment, amb la diferència que aquests estan cegats en la seva part superior, fins que s’obre un altre arc, que aquest si permet el pas al transsepte. En l’arc del braç nord trobem un capitell amb petits caps en la part central i boles encaputxades en el costat esquerre. En el capitell dret, que està molt erosionat, trobem a Adam i Eva al voltant d'un arbre. A l'altra cara un gran quadrúpede s'acosta cap a Adam.

L'arc interior, que permet l'accés al braç nord del transsepte, també és doble i l'interior descansa en dues columnes amb els capitells esculpits. En el costat esquerre veiem fulles d'acant i boles encaputxades. En la cara frontal hi ha un cap de lleó, que sosté entre les dents un parell d'ocells. En el capitell dret trobem dues parelles de lleons enfrontats i amb el cap unit en els angles. Al seu damunt, en la cara frontal, veiem un cap felí, del que surten volutes.

En el costat sud del transsepte es repeteix la mateixa estructura. L'arc toral té els seus capitells decorats amb lleons enfrontats. En el costat esquerre veiem a un personatge al damunt d'un dels lleons i amb les seves mans al cap de la bèstia. Es podria tractar de Samsó?. En el costat dret tenim dos lleons més, damunt dels quals hi ha dos caps d'animal i volutes.

L'arc que donava pas al braç sud del transsepte, actualment la capella de Frómesta, va ser decorat en el moment en que es va reformar aquesta capella. En canvi, es van mantenir intactes els seus capitells. El del costat esquerre també té lleons. En aquest cas són quatre, que s'enfronten per parelles. Els dos animals de la dreta no tenen crinera i per tant, semblaria que són lleones. En el centre de cada cara, en la part superior, veiem un cap d'animal, que mossega les cues dels lleons. El capitell dret està decorat amb boles encaputxades. També veiem uns caps d'animal en la part central superior dels costats curts del capitell.

En el costat nord del transsepte s'obre l'únic absis lateral que s'ha conservat. És molt probable que el del costat sud fos igual. És molt més simple que el central. Exteriorment presenta una imposta escacada per sota del nivell de la finestra. Aquesta s’obre en la part central del tambor absidal, és de tipus espitllera i està formada per un doble arc de mig punt en gradació.

Interiorment, la finestra, està decorada amb un arc decorat amb bossell la part interna i amb dents de serra l'externa. Aquest arc descansa en dues columnes amb els capitells esculpits. El capitell dret té boles encaputxades i volutes en els angles i el capitell esquerre és de temàtica vegetal. La finestra està emmarcada entre dues impostes, que recorren el tambor absidal. La inferior és escacada, mentre que la superior té motius florals.

Destaquem l’arc triomfal, de mig punt. Els seus capitells estan decorats amb lleons enfrontats en el costat esquerre i boles encaputxades en el costat dret. Entre les boles trobem un cap d’animal en la part superior de la cara frontal.

Sota la teulada, hi ha una cornisa recolzada en mènsules esculpides. Podem veure quatre rotlles horitzontals en la primera mènsula de l’esquerra i tres cavets en gradació en la segona. Aquestes dues són de difícil contemplació, per que es troben en la unió entre els dos absis. A continuació hi ha un cap de bèstia monstruosa, una mènsula amb cavets i una punta de diamant, una amb un cap humà barbat, una altra amb cavets en gradació i un nou animal amb la boca oberta. El segueix una mènsula amb un cap humà, que té la boca tancada amb una corda, una amb un porc, una altra que sembla tenir esculpida una creu molt erosionada, un cap d'animal, una bola encaputxada i dos cavets sobre els que hi ha un cilindre.

També trobem mènsules esculpides en el mur est del transsepte nord, per sobre de l'absis. La mènsula situada més al nord és una mena de disc on s'han esculpit tres volutes en els costats. Les dues següents mènsules tenen un cap d'animal i la quarta una bola encaputxada. A continuació hi ha dos espirals unides, una mènsula formada per tres cavets en gradació, una amb un porc, una altra amb tres cavets i un disc, i la darrera presenta una creu grega.

L’actual nau nord és la suma del braç nord del transsepte, construït a finals del segle XI i principis del XII, amb tres trams aixecats un segle més tard. En el transsepte, cobert amb una volta apuntada perpendicular a la nau, es conserva actualment l'antic retaule major, d'estil romanista i en el que es venera la talla de la Mare de Déu, coneguda com la Virgen de la Manzana, doncs sosté aquest fruit amb la mà dreta.

Trobem una talla gòtica en el retaule que hi ha en la capella que substitueix al braç sud del transsepte. En aquest cas es tracta de la Mare de Déu del Roser.

Des del braç nord del transsepte i mitjançant un arc de mig punt accedim al primer tram de la nova nau. Està cobert amb una volta apuntada.

Adossat al mur de separació entre aquests dos espais, hi ha un arc apuntat que a l'esquerra descarrega la seva força en una doble columna, que té dos capitells decorats amb motius vegetals.

A la dreta veiem un arcosoli, format per dos arcs apuntats en gradació i protegits per un guardapols decorat amb petits arcs de mig punt. L’arc exterior es recolza en columnes dobles, que tenen els seus capitells decorats amb motius vegetals. El sepulcre que allotja té escuts de la casa dels Lara.

En la part interior de l’arcosoli veiem decoració pictòrica del segles XVI o XVII, on Crist surt ressuscitat del sepulcre, mentre els soldats dormen.

Enfront d’aquest arcosoli trobem una tapa de sepulcre a terra, que està decorada amb motius vegetals i entrellaçats. En els laterals que corresponen al cap i als peus, veiem esculpides creus circumscrites.

El segon tram de la nau està cobert amb una volta de creueria, amb quatre grans nervis. Aquests arrenquen directament del mur en el costat sud, on es va esculpir la figura d’un atlant i d’una harpia.

En canvi, en el mur nord els nervis descarreguen la seva força en columnes amb els capitells esculpits. El del costat dret presenta un centaure, que apunta amb el seu arc a una bèstia alada. El del costat esquerre és de temàtica vegetal, com els capitells dels arcs torals que flanquegen a aquests capitells.

Cal destacar que el fust de la columna on descansen els nervis de la volta està decorat amb un cap animal i amb un lleó que té una figura humana entre les seves urpes.

En el mur sud d'aquesta nau, veiem un doble capitell que ha perdut el fust de les columnes. Aquest descarregava la força de l'arc toral que separa el segon del tercer tram. Està decorat amb dues harpies.

En aquest segon tram s’obre una capella orientada al nord, construïda entre els segles XVI i XVII i que és coneguda com la capella del calvari.

En el mur oposat també s’obre un arc, que en aquest cas comunica amb la nau original romànica. Entre aquest arc i l’arcosoli descrit anteriorment, trobem una tapa de sarcòfag, que té una inscripció en la seva tapa.

El darrer tram es torna a cobrir amb una volta apuntada. En ell s’obrien dues portes d’accés, una de les quals ha estat parcialment cegada i convertida en finestra. Aquests dos accessos van ser protegits per un porxo i reixes en el segle XVI. Les dues portes són d’arc apuntat recolzat en columnes, que tenen els capitells de tipus vegetal.

Només entrar, a l’esquerra, veiem un gran arc cec apuntat, que descansa en dues columnes amb capitells vegetals.

En sorprèn veure la mateixa estructura per l’exterior, però no hem sabut trobar si inicialment també va ser un accés o simplement dos arcosolis.

De fet, per la part interior, trobem una altra tapa de sepulcre als seus peus.

A l’altre costat de la porta trobem un altre arcosoli, que allotja el sepulcre de l’abat Munio González (1331). Aquest té una estàtua jaient en la tapa, amb un gos als seus peus i motius heràldics en la cara frontal. El sepulcre està recolzat sobre tres lleons. L’arcosoli està format per tres arquivoltes, que es recolzen en tres parelles de columnes amb capitells esculpits amb motius vegetals.

Al seu davant veiem una senzilla pila baptismal, que té unes grans creus gravades i un motiu de soga en la part superior.

La nau original romànica va ser reformada en el segle XVII. Es creu que l'original tenia una coberta de fusta, però actualment presenta una volta de pedra, reforçada per dos arcs torals dobles, que es recolzen en columnes amb capitells barrocs.

El seu accés principal es troba en el mur oest de la nau original. És una portalada formada per vuit arcs de mig punt en gradació, protegits per un guardapols decorat amb flors circumscrites. Els arcs estan decorats alternativament amb bossells i escòcies.

Els arcs decorats amb bossells es recolzen en columnes. Els capitells estan en molt mal estat de conservació, però encara s'entreveuen parelles d'animals amb els caps enfrontats, com lleons, grius o felins.

En el costat sud, a l'oest del creuer, s'alça la torre campanar. Té quatre pisos d'alçada, el superior més estret que els altres.

En el pis inferior s'obren dues finestres d'espitllera en els murs oest i sud. També en aquests murs s'obre una finestra de mig punt en el segon pis. En el tercer també hi havia una finestra en aquestes dues parets i probablement en la del costat est, però va quedar cegada per la construcció del transsepte. També va ser cegada la finestra del costat oest i la del costat sud ha estat molt reconstruïda.

Però sens dubte el més interessant és el pis superior, on s'obre una finestra geminada en cada mur.

El capitell del costat oest està decorat amb les imatges d'Adam i Eva i la serp enroscada en un arbre. En l'altra cara del capitell veiem a un home amb un bastó en forma de T.

Els altres capitells estan decorats amb lleons.

Les mènsules que podem veure sota la teulada del costat oest estan decorades amb dos animals lluitant, amb un mico que es toca les seves parts amb una mà i el cap amb l’altra, un personatge que sosté una bota, però que també ens ensenya el seu membre, una bola, un cap d’animal molt erosionat, el cap d’una cabra i un quadrúpede.

En el mur sud veiem a una bèstia amb la boca oberta, dos animals mossegant-se, un disc, un cap d’un felí que treu la llengua, dos caps d’animals molt erosionats i el cap d’un bou.

En el mur est veiem tres rotlles en una mateixa mènsula, una amb un disc i una altra amb un cap d’animal força erosionat. També veiem una mènsula formada per una espècie de prisma, format per diverses capes, una amb una aspa que envolta a una bola i dues amb animals.

Sorprèn trobar uns elements decoratius en l'angle sud-oest del campanar. Estan posats de manera poc ordenada. Es tracta de fragments d'imposta escacada i dues boles circumscrites. Probablement són fruit d'alguna reparació que va patir la torre.