Inicialment el temple parroquial de Bagà, esmentat en l’acta de consagració de Santa Maria de la Seu d’Urgell, estava construït fora les muralles de la vila. Per aquest motiu, molts dels habitants de Bagà anaven a fer les celebracions religioses a la capella de Santa Maria del Castell o de Palau, fet que comportà un enfrontament entre la parròquia i els senyors de Bagà. Finalment, en 1255, el prior de Sant Jaume de Frontanyà, que era el degà del Berguedà, va determinar que els vilatans no podien anar a missa els diumenges i festes de precepte a la capella del castell, si no que havien d’anar a la parròquia. Això no va satisfer als parroquians i finalment a principis del segle XIV, es va decidir construir un nou temple a la vila, dedicat a Sant Esteve. A partir d’aquell moment es va abandonar l’antiga església romànica, que es va acabar enderrocant.

El temple actual es va començar a construir pels volts de 1330 per la capçalera, en l’extrem sud-est de la vila. Aquest lloc estava ocupat per un grup de cases que es van començar a comprar en 1326. De les cases situades a tocar del torrent de Paller es van aprofitar algunes parets exteriors com a base dels murs de llevant de l’església, situades a banda i banda de l’absis. Estan fetes amb petits carreus disposats en fileres rectangular.

El 3 d’agost de l’any 1339 es va obrir al culte, coincidint amb la festivitat de la Troballa del cos de Sant Esteve, quan només s’havia construït la capçalera i dos trams de la nau.

L’absis té planta poligonal per la part exterior i semicircular per la interior. Està il·luminat per dos grans finestres de mig punt i doble esqueixada: una en la part central i una orientada al sud.

La nau es va cobrir amb una volta apuntada, mentre que les capelles laterals tenen una volta de creueria a excepció d’una que també té volta apuntada.

Els diversos enfrontaments bèl·lics i epidèmies de pesta negra del segle XIV van fer alentir el ritme de la construcció, acabant-se els murs perimetrals de la nau l’any 1363. El cobriment dels dos darrers trams del temple i de les capelles laterals d’aquest sector es va realitzar entre 1371 i 1372 i també durant el 1435.

El campanar, situat en l’angle sud-oest, es va començar a construir l’any 1420 però no es va acabar totalment fins el 1625. Mentrestant, el temple va disposar de dos campanars de cadireta fets en 1339 aprofitant pedres de l’església vella.

S’accedeix al temple per dos grans portes gòtiques. La del costat nord està formada per grans arquivoltes apuntades en gradació. Els motius escultòrics amb que estava decorada estan avui dia molt erosionats, tot i que podem entreveure fulles, flors i altres elements vegetals, un cap humà i caps d’animals.

El portal principal s’obre en el mur oest. Està formada per arquivoltes apuntades que arrenquen d’una imposta decorada amb figures femenines i masculines envoltades de motius vegetals. Representen personatges de la societat civil de l’època i per tant veiem esculpits nobles i burgesos locals. La imposta comença i acaba amb un àngel tocant un instrument.

Tot el conjunt de la portalada està flanquejat per dos pinacles gòtics.

En el segle XVII es va modificar considerablement la fisonomia del temple. Es va construir una nova coberta a dues aigües que aixoplugava tant la nau com les capelles laterals, el que va provocar la formació de dos corredors laterals a mode de porxos. També es va sobrealçar l’absis, amb la construcció d’un comunidor, on es guardaven les relíquies.

El 25 de juny de 1753 el temple va patir un incendi que va destruir tots els retaules i l’orgue. Per aquest motiu va ser necessari construir nou mobiliari litúrgic, en aquest cas barroc. Malauradament, a la Guerra Civil es van perdre alguns d’aquests retaules, bona part dels vitralls i les campanes.

Per sort, en el Museu Episcopal de Vic si es conserva una talla de Crist Crucificat del segle XIV, malgrat que no està en l'exposició permanent.